管理与支撑系统 
综合办公室（离退休管理办公室）　　　　　　人事教育处（研究生教育管理） 
科研计划处　　财务管理处　　期刊编辑部　　分析测试部　　  后勤服务中心　　
科研系统 
中国科学院湿地生态与环境重点实验室(湿地生态与环境研究中心)　　　  区域农业研究中心　　
遥感与地理信息研究中心　　　  东北区域发展研究中心 

野外平台 
三江平原沼泽湿地生态试验站　  海伦农田生态系统国家野外研究站　　
大安碱地生态试验站　　　　　  长春净月潭遥感实验站 

学术团体 
中国科学院湿地研究中心　　　  中国生态学会湿地生态专业委员会　　　　  吉林省地理学会　　
吉林省遥感学会　　　　　　　  吉林省环境科学学会环境地学专业委员会